卢循占领巴陵后，原打算西征军事重镇江陵，完全据有上游。徐道覆听到刘毅发兵的消息，驰使报卢循曰：“毅兵众甚盛，成败事系之于此，宜并力摧之。若此克捷，天下无复事矣。根本既定，不忧上面不平也。”卢循听从了这一建议，“即日发巴陵，与道覆连旗而下。别有八艚舰九枚，起四层，高十二丈”（《宋书·武帝纪》）。遂大败刘毅于寻阳东北的桑落洲，刘毅与数百人弃船上岸：“仅而获免”，“余众皆为贼所虏，辎重盈积，皆弃之”（《晋书·刘毅传》）。
卢循军在接连打败北府兵名将何无忌和刘毅，消灭大批敌人有生力量后，声威大振。史称“战士十余万，舟车百里不绝。奔败还者，并称其雄盛。”而东晋朝廷内外汹扰，人心惶惶。“于时北师始还，多创痍疾病。京师战士，不盈数千。”尽管双方力量对比悬殊，但卢循听到老对手刘裕已返京的消息，仍“相视失色”，“欲退还寻阳，进平江陵，据（荆江）两州以抗朝廷。道覆谓宜乘胜径进，因争之。疑议多日，乃见从”（《宋书·武帝纪》）。卢循军遂向建康进军。
在卢循迟疑不决的同时，刘裕排除了诸葛长民和尚书左仆射孟昶的奉天子过江，或东走广陵，或西据历阳的异议，以为“一旦迁动，便自土崩瓦解”。遂宣布内外戒严，发居民修筑工事，沿江置栅筑垒。又将可堪战斗的士兵全部集中在石头城，使“众力不分”，“随宜应赴”。等到起义军舰船抵达淮口（秦淮河入江口，今南京市西北）时，建康城已守备粗具。但卢循军仍在一定程度上掌握着出其不意，攻其无备的有利战机。时徐道覆建议利用优势兵力实施强攻，即从新亭（南京市西南）至白石（南京市西北）登陆，焚烧船舰，背水一战，分数路占领石头城，进而拿下建康。卢循初从此计，命舰队使向新亭。刘裕登城了望，不由得大惊失色。可见这是一个对建康守军极有威胁的作战方案。但卢循“多疑少决，每欲以万全为虑”，在面临与敌决战的关头畏缩退却。他以尚书左仆射孟昶绝望自尽为由，认为东晋王朝“当即日溃乱。今决胜负于一朝，既非必定之道，且杀伤士卒，不如按兵待之”（《宋书·武帝纪上》）。于是回泊蔡洲（今南京市西南十二里江中）。“道覆犹欲上，循禁之”（同上）。道覆以循无断，乃叹曰：“我终为卢公所误，事必无成。使我得为英雄驱驰，天下不足定也！”
乘卢循顿兵城下之机，刘裕修治越城，筑查浦、药园、廷尉三垒，从容调军设防，在守备薄弱的淮北至新亭的各军事据点皆“守以实众”（《宋书·武帝纪上》），又“栅石头，断查浦（今南京清凉山南），以拒之”。同时，江淮入卫的军队亦陆续开到，其中有千余名精锐强悍的鲜卑具装虎斑突骑。直至建康固若金汤，卢循仍“冀京邑及三吴有应之者”，而迟迟不发动进攻。刘裕设防完毕，卢循见无侥幸取胜之机，遂遣舰十余艘欲拔石头栅障，因守军弩箭齐发，“乃止不复攻栅”（《宋书·武帝纪》）。于是设伏兵于南岸，派老弱不堪战者悉乘舟舰，攻白石。刘裕中计，亲率主力赴白石堵截。卢循遂焚烧查浦登陆，打败了戍守秦淮河南岸的刘裕参军徐赤特，以数万军队屯驻在南岸的丹杨郡。刘裕见中计，率军驰归，分兵戍守石头城，又选汉、鲜卑步勇千余人渡过秦淮河，突陷卢循在南岸的列阵。卢循军不能支，遂转攻京口及建康附近诸县。但因刘裕实行以守待疲、坚壁清野的原则，故义军“无所得”。
至七月初，卢循仍顿兵建康城下。此时，距他陈泊蔡洲已时逾两月。义军师老病疲，粮食给养都发生困难。他认为士气不可能复振，所以决定从建康北师寻阳，“并力取荆州，徐更与都下争衡，犹可以济”。但此举非但未能复振士气，反而使东晋政权获得了重振旗鼓以全力镇压卢循军的机会。刘裕一方面派遣军队尾随义军，一方面鉴于卢军擅长水战的特点，“大治水军，皆大舰重楼，高者十余丈”（《宋书·武帝纪》），他又派建威将军孙处率军三千，自海道袭番禺，欲“倾其巢窟，使彼走无所归”（同上），遣淮陵内史索邈领鲜卑骑兵增援荆州。起义军已面临两面受敌，退路可能被切断的被动处境。
卢循并未采取积极措施争取主动地位。他声言要夺取荆州，据上游与东晋政权抗争，实际上却举棋不定。他没有趁东晋上下游之间的联系尚未恢复，卢军又在寻阳附近打败荆州增援建康的军队的有利时机，率主力攻取江陵，而只是派兵阻击增援荆州的索邈，遣为人“愚懦，无他奇计”的部将苟林象征性的进攻江陵，并声言徐道覆已攻克建康，企图取得不战即胜的效果。荆州刺史刘道规与雍州刺史鲁宗之通力合作，坚守设防，主动出击，轻而易举地在九月份打败势单力薄、又无后援的苟林。苟林亦被杀。十月，卢循又遣徐道覆率众三万进攻江陵，被刘道规打败，义军损失惨重，几乎全军覆灭。江陵战役的失败，是卢循军由优势转为劣势的标志。十月，刘裕“治兵大办”，遂率兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶等舟师攻伐义军。十一月，攻占彭蠡湖口的南陵，对义军由汉水南归广州的咽喉要地形成威胁。卢军损失舟舰百余，士卒五千。与此同时，孙处率水军至番禺城下，利用卢军广州守兵不以海道为防之机，纵火烧焚义军舟舰，乘大雾“悉力而上，四面攻之，即日屠其城”，孙处又“抚其旧民，戮其亲党，勒兵谨守”（《宋书·武帝纪》）。卢循军丧失了广州根据地，致使“无所归投”。
在这种情况下，卢循不得不考虑与刘裕所率领的舟师展开会战。他在“治兵旅舟船，设诸攻备”的同时，扬言不攻屯驻在雷池（今龙感湖，安徽望江以东）内的刘裕，只是想顺江而下，以迷惑对方。但刘裕并未受惑，他进驻位于雷池入江口处的大雷戍（今安徽望江），又遣部将王仲德以水舰二百艘戍守下游的吉阳，设置二道防线，以防止起义军顺江入海。
十二月，卢循、徐道覆率众数万人自寻阳出发，“方舰而下，前后相抗，莫见舳舻之际”（《宋书·武帝纪》）。在大雷附近，与刘裕展开激战。刘裕在西岸设置大量步骑，又以“轻利斗舰”，“万钧神弩”向义军水师发起进攻，迫使义军舟舰在风水之势下，不得不“悉泊西岸”。这时，刘裕设置的岸上步骑，“先备火具，乃投火焚之，烟焰张天，贼众大败，追奔至夜乃归”。卢循回守寻阳。他见刘裕军盛，遂决定顺赣水向广州撤退。他在左里（今鄱阳湖口）设置木栅以阻刘裕，使大军顺利南下。但刘裕亲率水师，悉力攻栅而进，卢循军虽“殊死战，弗能禁”，遂大败于彭蠡湖（今鄱阳湖），义军损失达万余人。卢循收散卒数千人，向广州撤退，徐道覆退守始兴。义熙七年（411）二月，追讨卢军的兖州刺史刘藩等到达岭南。刘藩部将孟怀玉围攻始兴，“身当矢石，旬月乃陷”（《宋书·孟怀玉传》），徐道覆遇害。三月，卢循在追兵未到时，围攻孙处镇守的番禺，双方相持二十余日，久攻而城未下。刘藩在击败徐道覆后，派沈田子引兵救授番禺，败卢循于番禺城下，义军损失万余人。卢循向南撤退，攻克合浦（广东合浦东北）。孙处、沈田子摄踪而来，卢循弃合浦而撤往交州。交州刺史杜慧度领州府文武拒循，循兵败。循率余众三千，与晋叛将原九真太守李逊的余部李脱汇合，又集俚獠族五千余人，登舟至交趾郡龙编县南津（今越南慈仙、仙越地区），与杜慧度再战。杜慧度用步军于两岸夹射，又投掷雉尾炬焚烧其舰。卢循军败。他见大势已去，鸩杀妻子十余人，又召妓妾问曰：“我今将自杀，谁能伺者？”妓妾多不愿从命，只有少数人愿与同死。于是卢循先杀了那些不愿自杀者，然后投水自尽。
4失败原因卢循在孙恩死后，重整旗鼓，建广州根据地，率浩荡舰队，纵横溯洄于湘赣二水，东征西战于大江上下，大败何、刘等北府名将，几乎置刘裕于必死之地，给予东晋皇朝以沉重打击。但他缺乏远大的战略目标，意志薄弱，指挥无方，作战无力。他两次受命于东晋皇朝，安居广州，无意北进；多次贻误战机，临阵少决，不能采纳部属正确的意见，无会战克敌，力争胜利的决心和勇气。终于导致变优势为劣势，变主动为被动，最后竟全军覆没，一败涂地。
5人物影响东晋末年孙恩、卢循领导的农民反晋斗争是东晋南朝时期规模最大、历时最长的一次农民起义。
6史籍记载卢循，字于先，小名元龙，司空从事中郎谌之曾孙也。双眸冏彻，瞳子四转，善草隶弈棋之艺。沙门慧远有鉴裁，见而谓之曰：「君虽体涉风素，而志存不轨。」循娶孙恩妹。及恩作乱，与循通谋。恩性酷忍，循每谏止之，人士多赖以济免。恩亡，余众推循为主。元兴二年正月，寇东阳，八月，攻永嘉。刘裕讨循至晋安，循窘急，泛海到番禺，寇广州，逐刺史吴隐之，自摄州事，号平南将军，遣使献贡。时朝廷新诛桓氏，中外多虞，乃权假循征虏将军、广州刺史、平越中郎将。
义熙中，刘裕伐慕容超，循所署始兴太守徐道覆，循之姊夫也，使人劝循乘虚而出，循不从。道覆乃至番禺，说循曰：「朝廷恒以君为腹心之疾，刘公未有旋日，不乘此机而保一日之安，若平齐之后，刘公自率众至豫章，遣锐师过岭，虽复君之神武，必不能当也。今日之机，万不可失。既克都邑，刘裕虽还，无能为也。君若不同，便当率始兴之众直指寻阳。」循甚不乐此举，无以夺其计，乃从之。
初，道覆密欲装舟舰，乃使人伐船材于南康山，伪云将下都货之。后称力少不能得致，即于郡贱卖之，价减数倍，居人贪贱，卖衣物而市之。赣石水急，出船甚难，皆储之。如是者数四，故船版大积，而百姓弗之疑。及道覆举兵，案卖券而取之，无得隐匿者，乃并力装之，旬日而办。遂举众寇南康、庐陵、豫章诸郡，守相皆委任奔走。镇南将军何无忌率众距之，兵败被害。
循遣道覆寇江陵，未至，为官军所败，驰走告循曰：「请并力攻京都，若克之，江陵非所忧也。」乃连旗而下，戎卒十万，舳舻千计，败卫将军刘毅于桑落洲，迳至江宁。道覆素有胆决，知刘裕已还，欲乾没一战，请于新亭至白石，焚舟而上，数道攻之。循多谋少决，欲以万全之计，固不听。道覆以循无断，乃叹曰：「我终为卢公所误，事必无成。使我得为英雄驱驰，天下不足定也！」裕惧其侵轶，乃栅石头，断柤浦，以距之。循攻栅不利，船舰为暴风所倾，人有死者。列阵南岸，战又败绩。乃进攻京口，寇掠诸县，无所得。循谓道覆曰：「师老矣！弗能复振。可据寻阳，并力取荆州，徐更与都下争衡，犹可以济。」因自蔡洲南走，复据寻阳。裕先遣群率追讨，自统大众继进，又败循于雷池。循欲遁还豫章，乃悉力栅断左里。裕命众攻栅，循众虽死战，犹不能抗。裕乘胜击之，循单舸而走，收散卒得千余人，还保广州。裕先遣孙处从海道据番禺城，循攻之不下。道覆保始兴，因险自固。循乃袭合浦，克之，进攻交州。至龙编，刺史杜慧度谲而败之。
结局循势屈，知不免，先鸩妻子十余人，又召妓妾问曰：「我今将自杀，谁能同者？」多云：「雀鼠贪生，就死实人情所难。」有云：「官尚当死，某岂愿生！」于是悉鸩诸辞死者，因自投于水。慧度取其尸斩之，及其父嘏；同党尽获，传首京都。