桓温经此惨败，深为惭愧。太和六年（371年）正月，桓温攻克寿春，问郗超：“此足以雪枋头之耻乎？”郗超回答：“未厌有识之情也”（《晋书·郗超传》）。桓温负其才力，久怀异志。其北伐本意是欲先立功河朔，然后还受九锡，渐窃朝柄。既有枋头之败，威望顿减。所以才有此一问。晚上，郗超至桓温营中，对其说：“明公既居重任，天下之责将归于公矣。若不能行废立大事、为伊霍之举者，不足镇压四海，震服宇内，岂可不深思哉”（《晋书·郗超传》）！桓温素有野心，遂纳其策，遂定废立之事。
由于海西公司马奕（366—371年在位）平素谨慎，没有过错，桓温与郗超商量，乃诬海西公有阳痿，是太监之身，并说海西公使嬖人相龙、计好、朱灵宝等与美人田氏、孟氏私通，生下三子，将要冒充皇子建储为王，改变皇家血统，倾移皇基。
十一月，桓温率军从广陵返回姑孰，半路止军于白石（今安徽当涂西），带兵入朝，威*褚太后废海西公帝位，立会稽王司马昱为帝。改年号为咸安，司马昱是为简文帝。简文帝诏桓温依诸葛亮故事，甲仗百人入殿。赐钱五千万，绢二万匹，布十万匹。郗超被升为中书侍郎，执掌朝廷机要。
时郗超因为与桓温的关系，朝中大臣皆畏之。谢安曾与左卫将军王坦之一起谒见郗超，到晚上还未能入见，王坦之欲去，谢安说：“不能为性命忍俄顷邪”（《晋书·郗超传》）！由此可见郗超的权势之大。郗超一直是桓温的谋主，谢安和王坦之见桓温时，郗超卧在帐中窃听他们的谈话。恰巧这时来一阵风把帐幕吹开，谢安笑道：“郗生可谓入幕之宾矣”（《晋书·郗超传》）。
太元二年（377年）十二月（阳历为378年），郗超去世，时年四十二岁。郗超是桓温的党羽，而其父郗愔则忠于晋室，郗超临死时，为了不让郗愔伤心，便取出一箱书，对门生说：“本欲焚之，恐公年尊，必以伤愍为弊。我亡后，若大损眠食，可呈此箱。不尔，便烧之”（《晋书·郗超传》）。郗超死后，郗愔果然哀悼成疾，门生便将书交给郗愔，郗愔一看，里面写的都是郗超与桓温密谋的事，郗愔大怒说：“小子死恨晚矣”（《晋书·郗超传》）！从此不再哭泣。
三次北伐在中原板荡之际，能提高威望、博取人心者，莫过于武力征伐以收复失地。平蜀之后，桓温又进行了江东独步王文度，后来出人郗嘉宾三次北伐。永和十年，桓温自江陵出发，从水陆两路，攻伐由氐族苻氏建立的前秦。水军沿汉水北上，步兵直趋武关。他又命梁州刺史司马勋北出子午道，作为偏师。桓温在蓝田大败秦军，进至灞上（今陕西西安市东）。关中百姓带着牛酒，前来犒师。父老感动地流泪说：“想不到今天又见到官军！”率正义之师，以破竹之势，如能一鼓作气，直捣长安，关中当唾手可得。桓温却驻军灞上，观望不进。原来桓温北伐的目的只是想立功名以镇服江东，并非真心伐罪吊民，收复旧土。桓温进军之初，本打算以秦地之麦为粮，但秦人早已芟麦清野，晋军无粮可食，只好退回荆州。
两年后，桓温乘冉魏叛将周成占据洛阳，被姚襄围困之机，进行第二次北伐。桓温到达伊水时，姚襄撤洛阳之围，拒水结阵。桓温披甲督战，大败姚襄。接着周成出降，桓温进入洛阳，谒晋诸帝陵寝，有毁坏者皆令人修复之，并置陵令看守。留颍川太守毛穆之等以三千人镇守洛阳，自率大军而还。
以上两次北伐，第一次虽说无功而返，但志在立威的目的还是达到了，而第二次北伐，则是取得了成功，所以自此以后，桓温既掌内外大权，其诸弟皆身居要职，桓氏势力一时甚盛。遗憾的是，接下来的第三次北伐，桓温却以惨败告终。
北伐惨败太和四年（公元369年）四月，桓温率桓冲、袁真等步骑五万从姑孰出发北伐前燕。时正大旱，水道不通，郗超劝阻桓温说：“路途遥远，汴水又浅，恐怕运送粮食的水道难以畅通”。桓温没有听从。六月，大军进至金乡（今山东金乡），桓温命冠军将军毛虎生在巨野（巨野泽，在今山东巨野北）开凿三百里水路，引来汶水（今大汶水）会合于清水（古济水自巨野泽以下又称清水）。这条航道后来称作“桓公渎”。桓温率大军乘船自清水进入黄河，舳舻连绵数百里。这时，郗超又建议说：“从清水进入黄河，运输难以畅通。如果敌人不与我们交战，运输通道又断绝，我们将陷入非常困难的境地。不如让现有部队全部径直开向邺城，他们害怕您的威赫名声，一定会闻风溃逃。如果您觉得这样做太冒险，那就不如停兵于黄河、济水，控制水路运输，等到储备充足，到明年夏天再进军。这样做虽说拖延了时间，却是万全之策。”但桓温又未采纳，既不肯直趋邺城，决胜负于一役，又不肯顿兵河、济，以待来年。于是乃按原定计划进军。七月，桓温大军进至枋头（今河南浚县）。这时，桓公渎因为干旱水位下降，已不能通运，桓温水军的退路及粮食供应都成了问题。此后，桓温几次与燕军交战都未取胜，乃命令烧掉船只，弃掉辎重从陆路退军。前燕部队从后追击，几次大败桓温，晋军死伤数万人，这次北伐于是以桓温的惨败而告终。起初，桓温令袁真攻打谯郡、梁国，开凿石门，以便修通水道，运送粮草。袁真攻克了谯郡、梁国，但无法打开石门。桓温深感丧师败绩的羞耻，于是以石门不开，粮运不济，归罪于袁真，上疏请求免除袁真官职，贬作庶人。袁真认为桓温诬陷自己，不服，上疏控告桓温，朝廷不理。袁真便据守寿春叛变，投降前燕。
桓温此次北伐惨败的原因，分析起来，应该说主客观方面都有。从桓温主观上来说，其北伐不是真正想收复中原，而是志在立威，欲以功名镇服江东，伺机取晋室而代之。因此，桓温在作战时务求持重，在大好形势下常常观望不进，贻误战机。另外，桓温确实很懂兵法，也善于用兵，但他还不是一个出类拔萃的军事家，用兵贵在多谋善断，相机而动，桓温于此却略逊一筹，因此在用兵时往往不善于捕捉战机，缺乏灵活性。郗超的权谋机变本来可以弥补他这方面的不足，可在关键时桓温却没有听从郗超的意见，出现这种结果，当然是非常遗憾的。
4废立皇帝太和五年二月，袁真死，前燕任命袁真的儿子袁瑾为扬州刺史。八月，桓温从广陵率二万兵马讨伐袁晚年入仕建康的郗超瑾，在寿春郊外击败袁瑾，进而将城池包围。第二年正月十七日，桓温攻下寿春，活捉了袁瑾，将他和他的家属一起押送到建康，在建康处斩（《资治通鉴》卷一百三）。
桓温北伐本来是想先立功河朔，为自己赢得更大的声望，回来后接受加九赐的礼遇。既有枋头之败，他的威望和声名都受到很大打击。攻克寿春后，他问郗超：“这一仗，能不能雪枋头之耻？”郗超说：“不能。”过后有一天，郗超在桓温府中留宿，半夜里郗超对桓温说：“您难道毫无忧虑吗？”桓温说：“你一定有话要对我讲。”郗超说：“你身负天下的重任，如今以六十岁高龄，却在一次大规模的行动中失败，如果不建立非常的功勋，就不足以镇服人心！”桓温说：“那该怎么办呢？”郗超劝他废立皇帝。桓温历来怀有此心，对郗超的话深以为然，两人立即商议，决定行动步骤。他们考虑到皇帝司马奕一贯谨慎，没有什么过失可挑，只能从男女关系入手，便决定四下散布谣言，说：“皇上早就得了阳痿病，不能生育，他的几个儿子都是宫中美人和嬖人相龙、计好、朱灵宝等人通奸生下的，将来他们被立为储君，封为王侯，必然改换皇家血统。”谣言在民间秘密传播，人们无法判别真假。太和六年（公元371年）十一月，桓温从广陵返回姑孰，中途带兵入朝，威*褚太后废黜海西公司马奕，以丞相、录尚书事、会稽王司马昱继承皇位，是为简文帝。此后，司马昱虽为皇帝，实际上仅是一个傀儡，凡事拱手默认而已。
5入幕之宾宁康元年二月，大司马桓温带兵入朝。孝武帝司马曜派遣吏部尚书谢安与侍中王坦之到新亭（建康西南的近郊军垒）迎接。当时建康城中普遍认为桓温此次入朝是为了颠覆晋室，所以王谢二人此番前去必然凶多吉少。王坦之对此表示忧虑，谢安却神色坦然，鼓励王坦之道：“这次保存晋室就在你我二人身上”。桓温到达新亭后“大陈兵卫，延见朝士”。极度惊恐中的王坦之“流汗沾衣，倒执手版。”谢安依旧坦然，安然入座后对桓温道：“我听说诸侯有道，守卫在四邻，大司马又何必在壁后安置如此多的人啊？”桓温笑道：“正是由于不能不这样做。”随即命士兵撤去，与谢安谈笑良久。就在此时作为桓温心腹谋主的郗超正躲在帘幕后偷听桓温与谢安的谈话，恰巧一阵风袭来，帘幕被吹开，谢安笑道：郗生真可以说是入幕之宾啊。
为了掌握兵权，控制上游，桓温废掉司马奕后，任命郗超为中书侍郎，坐镇朝廷，自己则带兵返回白石，还镇姑孰。郗超此时虽然名义上成了皇帝的秘书，实际上是桓温有意安插在朝中的一个钉子，以便把持朝政。
桓温临走之前，桓温和郗超商议削除一些朝廷大臣，对朝中的异己力量大加废徙。太宰武陵王司马曦好习武事，为桓温所忌；殷浩之子殷涓、广州刺史庾蕴与桓温素有成见，又庾、殷二姓势力很强，亦为桓温所忌，很想把他们清除。桓温和郗超把废徙名单和相关文书的条款拟定之后，这天晚上两人就睡在一起。第二天早晨，桓温起来，叫宰相谢安、王坦之进来，把准备好的文书丢给他们看，郗超则躲在帷幕之内。谢安没有开口说什么，王坦之把文书还给桓温之后，也只是说了两个字：“多了。”桓温取过笔来，想从中减掉几个，躲在帷幕中的郗超便偷偷地跟桓温说起话来，显然是向桓温提出具体建议。谢安于是含笑地说：“郗先生真可以称得上是入幕之宾了。”（《世说新语·雅量第六》）谢安在这里所说的“入幕之宾”，可算是一句双关语。“幕”可以是指郗超藉以藏身的帘帐。中国古代习惯用帘帐之类的纺织品来分隔房屋内的空间，而这种起隔断作用的帘帐，统称为“幕”。严格来说，“在上曰幕，在旁曰帷”，一般则混称为“幕”。帷幕之内是居室私密之处，能进入帷幕中的宾客，自然与主人关系非同一般，因此习惯以“入幕之宾”指心腹、死党。另一方面，谢安这句话中的“幕”，也可以指郗超所任的“参军”官职，因为当时此一官职被称为“幕僚”、“幕职”。
自此以后，不仅桓温威振朝廷，而且因为桓温的缘故，朝廷里的人也都害怕和郗超打交道，一时朝廷大臣如谢安等，均畏其权势。有一次，谢安和王坦之一起到郗超那里去，太阳快落山了，还没有被召见，王坦之想离去，谢安说：“你难道不能为保全性命而忍耐一会儿吗？”（《世说新语·雅量第六》）简文帝司马昱对郗超也是敬畏三分。他常常害怕自己被废黜，有一次，他对在宫中当班的郗超说；“命运长短，本来就并不计较，所以不该再出现前不久废黜皇帝那样的事情吧？”司马昱还是抚军大将军时，曾聘用郗超为椽属，原来既是司马昱的部下、现在又是他的秘书的郗超，从心里对司马昱还是同情的，于是说：“大司马桓温，正在对内稳定国家，对外开拓江山，我愿用百余家口保证，不会发生那种不正常的政变。”司马昱这才稍稍放下心来，于是对郗超吟咏庾阐的诗歌：“志士痛朝危，忠臣哀主辱”（《晋书·简文帝纪》）。由于难以承受巨大的心理压力，在位不到两年，司马昱便忧愤而死。
6胸怀与识见前秦苻坚图谋东晋天下，已经吞并了梁、岐一带，又虎视眈眈地想攻占淮水以南地区。当时朝廷决定派谢玄北上讨伐苻坚，人们对这一决定意见很不一致。只有郗超说：“此事一定能成功。我过去曾和谢玄在桓府**事，发现他用人能人尽其才，即使在极小的事情上，也能委任得当。从这些事来推断，估计一定能建立功勋。”谢玄大功告成后，当时人们都赞叹郗超有先见之明，更敬重他虽然与谢玄关系不好，却能不因个人爱憎而隐匿别人的才能（《世说新语·识鉴第七》）。
太和二年（公元367年）九月，东晋朝廷任命郗愔为都督徐兖青幽四州诸军事、平北将军、徐州刺史。郗愔的外甥、黄门侍郎王徽之到郗家祝贺，说；“应变将略，非其所长。”反复诵说，多次不停。郗愔的次子郗融对哥哥郗超说：“老人家今天拜官，王徽之说的话太不恭敬了，实在难以容忍。”郗超说：“这是陈寿对诸葛亮所作的评语，人家把你家的人都比作诸葛武侯了，还有什么可说的！”据陈寿着《三国志·诸葛亮传》载：“可谓识治之良才，管萧之亚匹矣。然连年动众，未能成功，盖应变将略，非其所长欤！”这就是王徽之用来评论郗愔的两句话的出处。王徽之对他的舅舅郗愔有些瞧不起，他想表达的意思确实是随机应变的用兵策略不是郗愔的擅长。可惜他忘了自己所引用的两句话，竟是出自陈寿对诸葛亮的评语，结果被他的表兄弟郗超所利用，从而出现了“欲贬实褒”的喜剧效果。这也表明，郗超这个人确实聪明过人，不但博览群书，而且记忆惊人（《世说新语·排调第二十五》）。（本文史料主要引自《晋书》、《三国志》、《世说新语》、《资治通鉴》等）7佛学大家郗超这个人崇信佛教，经常与当时的名僧讨论佛教教义，那些名僧都深为佩服，称赞郗超是“一时之俊”。郗超还写了很多佛教着作，有一个佛教方面的《法论目录》，里面列出的郗超的着作有十几种，可惜流传下来的只有一本《奉法要》。
《奉法要》是佛教的重要典籍，地位很高，是研究中国佛教史非常有价值的资料。它主要是宣扬佛教基本教义，以及在家信徒的戒规、斋法。着名学者胡适也曾说：“《奉法要》最可以表示那个时代一个绝顶聪明人对佛教的了解。”
有一个日本的佛学家，是研究中国佛教学及佛教史学的最高权威，叫冢本善隆，他认为，《奉法要》这本书对后世的居士佛教的影响很大。他说：“以居士林为中心的居士佛教，虽然因中国各宗的开创而难免有多少变化，但可以说它是渊源于郗超的《奉法要》的佛教，历经唐、宋、元而发达，继承到明、清乃至现代的中国在家佛教。”居士就是信佛但没有出家，而是在家修行。这段话认为，郗超开创了佛教的一个派别居士佛教，他的《奉法要》则是这一派的教规。
郗超这个人心胸豁达，轻财好施，这也和他崇信佛教有关。郗超的父亲聚敛了很多钱财，郗超心中很不以为然。有一天早晨，郗超去给父亲请安，有意把话题引到了钱财上来。郗愔就说：“你只不过想得到我的钱财罢了！”于是打开钱库一天，让郗超任意使用。郗愔原以为，仅你用，你一天也花不了多少。可是，郗超在一天时间里，把钱库里的钱全部分给亲戚朋友，到最后所剩无几了。郗愔听了，惊怪不已。
《世说新语》还记载了一个故事。当时有一位高僧，和郗超关系很好。有一次，郗超布施给他一千斛（hú）米，古代一斛合十斗，一斗合十升，这一千斛米还是很多的。并且郗超还写了一封信，有好几页，殷勤问候。可是这个高僧并不领情，回答说：“损米，愈觉有待之为烦。”意思是说，让你破费了，可是这些米更让我感到我的生命要依赖于这些米，心灵还没有得到解脱，真是烦人啊。
郗超当时权倾一时，可是对于郗超的好意，高僧并不领情。这从侧面说明郗超对佛教是多么虔诚了。