风魔忍者自知不是自来也对手，“可恶，就算打败我，还会有其他忍者来攻击这个村子的。只要我们还活在这个被诅咒的忍者世界里，就不会有和平。”风魔忍者战败负伤而去。注：风魔忍者，后为佩恩六道里面的畜生道，能使用通灵术，召唤大量不同类的通灵兽。
自来也经过了几度寻找，依然没有找到能够给世界和平带来变革的人。在这时已经开始无法阻止的战争连锁，自来也只好先停止了他的邂逅命运之旅，不得不回到了木叶村。当时正值第二次忍界大战爆发，战争残酷而无情，连纲手的弟弟绳树都死在了战火中。大蛇丸带回绳树的遗物，初代火影的项链。纲手悲痛欲绝，自来也陪在纲手身边安慰。在忍者的世界里为了消除悲伤，自来也发誓一定要找到那个变革者，必须要选择创造和平的人。
战争的火苗终于将自来也等人也卷入了漩涡之中，不论他们愿不愿意，这就是后来人们称之为的第二次忍界大战。而自来也三人被称为传说中的三忍，也是这之后不久的事情。值得一提的是，第二次忍界大战时，二代火影已经在这之前过世，三代火影由猿飞日斩担任。注：关于一战、二战、三战的界限都不太明朗，编年史同样混乱不堪，众人各说纷纭，本文暂且按照这种说法进行。
雨隐村，大雨滂沱，年轻的大蛇丸、自来也、纲手姬三人对阵雨隐的首领，传说中的半神，山椒鱼半藏。戴着防毒器的半藏，站在大型的通灵兽山椒鱼上，俯视三忍。半藏忽然出手，向三人射出了大量的引爆符苦无。三忍一起跳起来躲避，爆炸在地上发生，升起大量烟尘。半藏在视线不明的情况下，依然锁定了纲手的位置，一捆带线的起爆符，缠上了纲手。纲手大惊，自来也过来营救，“忍法，针地藏！”白色的头发变长，包裹住纲手，将纲手拉出了爆炸中，与自来也汇合在一起。
烈火在雨地里燃烧，自来也依靠绝对防御针地藏挡住了半藏的这次攻势。半藏非常吃惊，大蛇丸趁机发动了潜影蛇手，缠住了半藏。自来也配合反击，“忍法，针地狱！”头发变长，形成大范围针刺，刺向无法动弹的半藏。半藏发动了瞬身之术，脱困而走，大蛇丸与自来也的攻击一起落空。通灵兽山椒鱼向前移动，发出咆哮，逼退了自来也和大蛇丸。半藏重新站在山椒鱼头上，而这时候，三忍都有些疲惫不堪。刚才为了救纲手，自来也的腿被爆炸的余波烧伤。
纲手有些歉意，扶起自来也。自来也逞强，“这种程度的烧伤不算什么！”大蛇丸道，“连我们的配合忍术都无法奏效。”自来也叫苦，“到此为止了吗？”三忍气喘吁吁，周边倒在地上的多是木叶的忍者。半藏有些无奈，他这边的雨忍们也都打光了，“这么年轻，真是了不起啊！竟然能把我逼到这种程度。这场战争恐怕是木叶获胜了，看在猿飞日斩的面子上，我就放你们一条生路吧！”自来也怒道，“我们不需要你的同情！我们还可以继续战斗。”纲手喝止，“别说了，自来也！”
半藏道，“你们三个人很厉害，不愧是猿飞日斩的学生，连这种处境也能幸存下来，让我感到十分棘手，我就给你们一些时间来成长，再变强一些再向我挑战吧！作为饶你们一命的代价，各自报上名号吧！”三忍各自说出了名字，半藏道，“你们的名号已经深深刻在我的心中了。自来也、纲手、大蛇丸，我半藏，从此以后称你们为木叶三忍。你们就自称这个以生命为代价换取的名号吧！”正是在这次的战斗中，三忍才名扬天下，正是跨入了另一个境界。在此之前，半藏与猿飞也交过一次手，半藏不敌精通五遁忍术的猿飞，输了一筹。因此借着这个机会，半藏就放过了三忍，留给木叶一个人情。
战斗结束后，三忍带着挫败的感受，在一个山洞避雨。自来也吃着饼干，“就像半藏所说的，以木叶的胜利告终吗？”纲手道，“那之后要做什么，继续旅行吗？”自来也道，“说的也是呢，继续旅行写那本书吧！”纲手道，“为什么你就不能在村子里安静地生活呢？”自来也道，“有种还要遇到的感觉。”纲手道，“之前所说命中注定的家伙吗？”大蛇丸嘘了一声，纲手和自来也看向里面，自来也道，“还是孩子呢。”
大蛇丸道，“不要大意，即便是小老鼠，也是雨隐村的人。”纲手道，“不要躲着了，快出来吧！”里面走出一个棕色头发的男孩，有些狼狈的样子，“请分给我一些食物。”自来也问道，“你的父母呢？”那个男孩就是弥彦，“在这场战争中被忍者杀死了。”自来也有些感伤，拿出了干面包递给弥彦。弥彦回头喊，“长门、小南，出来吧！他们看上去不像坏人。”里面又走出一个红色头发的男孩，和一个蓝色头发的女孩，这就是小时候的长门和小南。
他们跑过来不仅把自来也的干面包都拿走了，还顺手取走了纲手的饼干。纲手见他们可怜，也没说什么。休息了一阵后，冒着大雨，木叶三忍踏上了归途，三个孩子跟在后面。走了一段后，纲手忍无可忍，回头道，“刚刚已经分给你们食物了，干嘛还要跟着我们？”小南从背后掏什么东西，战场上的反应，让纲手本能地准备出手。自来也阻止了纲手，小南取出了一朵纸花，递给纲手，“谢谢你们，这是我们的谢礼。”
自来也道，“是折纸啊，用干面包的包装纸做的。”纲手道，“把这个给我们吗？”小南点头，弥彦壮着胆子，说出想要学习忍术的愿望，“请教我们忍术吧，你们是木叶的忍者吧！”自来也和纲手都有些惊讶，大蛇丸却道，“要杀掉他们吗？我已经看惯了战争中的孤儿，但还是觉得他们十分凄惨。索性在这里杀掉他们，对这些孩子们来说也是……”3个孩子吓坏了，弥彦本能地把小南和长门挡在身后。
自来也喝止大蛇丸，“你和纲手先回去吧！我暂时照顾一下这几个孩子。”纲手道，“什么？你又自作主张了！”自来也道，“等他们多少能自立生活一些为止，这算是一点点赎罪吧！”纲手道，“可是村子那边……猿飞老师又要头疼了。”自来也非常欣赏弥彦的勇气，认为这次相遇也是命运的安排。