钱天敦对此也持比较慎重的态度：“这里岛屿众多，我们对澎湖附近的海域又不熟悉，打夜战太冒险了，也没有冒这个风险的必要。还是先缓一缓，等明天再让舰队清理附近海域。”
两名同僚都建议稳重应对，王汤姆也不会坚持冒险作战，当下便通过电台通知另外两支舰队，让他们收拢队伍，开始对马公港码头进行清理。同时派船通知福建水师，让他们派船往南北两个方向沿海岸线进行搜索，看看澎湖岛沿岸是否还有尚未来得及撤离的海盗船队。
在意识到大势已去之后，滞留在马公港未能来得及撤离的数千人没有再进行无谓的抵抗，大约三分之一的人选择了就地投降，剩下的人则是抱着侥幸心理撤向了内陆，指望敌人对澎湖的攻打只是短期行为，打完这一波之后就会撤回大陆。
颜楚杰也没有急于让部队连夜进行搜捕，而是在马公港划定了驻扎区，让运兵船和货船能偶尽快入港停靠。这次的联合行动，海汉与福建军方总共投入了近万作战人员，还动员了几乎数目相当的民夫负责后勤辎重。不过开战之前的种种担心，现在看来都已经不会出现了，十八芝接连驶出丢车保帅的招数，已经表明了他们没有打算在澎湖岛上再组织像样的抵抗。这样一来联军要实现占领澎湖的作战意图就十分轻松了，只要逐岛进行清理就行。
在军官们上岸享用晚餐的时候，福建水师送来了另一个消息，根据之前海战所俘获的海盗交代，下午在海上交手的第二波海盗船是由十八芝领之一的郑芝莞指挥，而郑芝莞本人的坐船已经在交战中被海汉舰队用火炮击沉，估计是不太可能生还了。至此十八芝的领中已经有三人战死，三人被擒，这个战果已经足以让福建官府对朝廷和兵部都有所交代了。
入夜之后，许心素为的福建军方高层也全部在马公港登陆上岸，与海汉指挥人员磋商接下来的行动安排。
“明天我们会派出两支舰队继续往北进行追击，杜绝十八芝回头的可能。”颜楚杰言简意赅地说道：“另外希望明军能够配合我们对岛上展开地毯式的搜索，把可能隐匿在岛上的海盗残余分子清理干净。”
“颜将军放心，虽然水师在海战中出不了多大的力，但在岛上搜捕海盗一事，本官定会亲自督办，务求将残敌一网打尽！”许心素立刻拍着胸脯表了态。
尽管双方这次是用混编的方式组织了联合舰队，但真正开打的时候，也只有几艘从海汉购买的新式战船在一线参与了战斗，而明军水师的其他船只都只是在外围控场捡漏。许心素出钱出力，也是抱着锻炼自己亲军的念头，不过十八芝主力都已经逃了，接下来显然没什么大仗可以练兵了，也只能把这搜岛的差事当作主要任务了。
当天晚上，又陆续有人赶到马公港的联军驻地投诚，其中还夹杂着好几个福建官府安插在澎湖这边的探子。根据这些人所提供的情报，联军指挥部基本可以确定十八芝的主力已经撤离了澎湖，乘船北上前往琉球的某处岛屿。而目前仍然滞留在澎湖列岛上的十八芝人员，至少还有四五千人之多。不过剩下这些人里面已经没有多少穷凶极恶之徒，在缺乏组织的情况下也难以再有什么的像样的抵抗出现了。
5月2日凌晨，石迪文和罗杰各自率领舰队驶离了马公港，他们的任务是向北追击十八芝的船队，确保他们不会再半路杀个回马枪。但因为已经过去了一夜时间，十八芝的船队至少已经逃出去五六十海里远，饶是海汉舰队的航速较快，想要在短时间内追上十八芝的船队也不太现实了。因此王汤姆给他们下达的任务并不是死追不放，而是划定了一段距离，到了这个距离就选择折返回来，不以杀伤敌人为目标。而明军水师则是负责清剿澎湖列岛中的周边小岛，联军指挥部认为这种低烈度的作战任务也正好适合他们的战斗力水平。
船队出之后，陆军协同明军也开始向东进，对澎湖岛进行清理。十八芝的主要据点就离马公港仅仅数里之遥，数百名顽固分子占据了这个由荷兰人在其占领时期修筑的小型城堡，并且试图通过使用土炮鸟铳等武器来负隅顽抗。不过在海汉陆军拖出四门12磅炮把城堡大门轰了个稀烂之后，里面的海盗立刻便选择了投降。
城堡内的状况跟昨天的马公港一样混乱，到处都是十八芝在撤离时扔下的各种物品，但部队搜查之后并没有找到什么特别有价值的东西。根据俘虏的交代，城堡内剩下不多的粮食，在昨天的混乱中已经被瓜分干净了。至于墙头上架设的土炮火铳，其实大部分都是已经报废的样子货，根本就打不响，这也让先前以为遇到硬骨头准备要打一场的民团陆军有些泄气。
毕竟海军多少还打了两场仗，再不济已经有战功垫底了。而陆军从昨天登陆以来，却连一场像样的交战都没有，好不容易碰到个堡垒有人据守，结果放了两轮炮就投降了。这么打下去陆军只怕是一点军功都捞不到了，而军官们开战之前大肆嘲笑海军只能当运输队的话还历历在目，此时却是被打脸打得啪啪作响了。
高桥南在第一时间就从俘虏中随机挑选了二十人，押到旁边分作两队进行审问。他要知道岛上哪里还有海盗的据点，以便能够尽快赶去剿杀。要是动作慢了被明军抢在了前面，那他可是真没脸向钱天敦交代了。
在当着俘虏们的面接连砍了三个不肯合作者的脑袋之后，剩下的俘虏都被吓得不轻，恨不得能把祖宗十八代的族谱都背出来。高桥南也并不担心自己的做法会被举告，他的这种方法简单粗暴但极其有效，当初在安南打仗的时候就曾经多次依靠这种手段获取了重要情报，军方高层也就一直很放任他用比较暴力血腥的手段来获取战时情报。毕竟在战场上只问战果，不问过程，没人会在乎敌人的死亡率有多高。