在这种情况下，桓玄还不深刻的反省，与人民共休息，反而加紧篡权的步伐。自古权臣立威，没有不杀大臣的，桓玄也没有脱离这个套路，首先大杀北府旧将以绝后患。吴兴太守高素、冠军将军孙无终等多人都被剁了。
刘牢之被调为会稽内史，当即大惊失色，自己叹息道：“开始就夺我兵权，大概要大祸临头了。”刘敬宣主张趁桓玄立足未稳，先发制人。当时，北府兵的主力驻扎在广陵，领兵的头儿是高雅之，是刘牢之的铁杆粉丝。但是，刘牢之最担心的是刘裕，他的态度能决定北府兵的斗志。于是，刘牢之找到自己原来的部下刘裕，试探说：“现在只能去广陵，在那里高举义旗，你能跟我一起去吗？”
刘裕内心认为刘牢之信用透支，成不了大事，这时看不清前途，明哲保身最为重要，于是断然拒绝：“将军以雄兵数万，投降桓玄，大失人心。现在桓玄得志，威震天下，民众拥戴。广陵之兵难道会为你火中取栗吗？我万念俱灰，无所要求，就想着回家安度余生。”
刘牢之的外甥何无忌也对前途悲观，问刘裕自己去向，刘裕说：“我看刘牢之肯定会失败，你可随我返回京口。从目前形势看，桓玄还得利用我们。若桓玄守晋臣之节，我就与你辅助他；否则，我就与你共谋消灭他。”何无忌认为很对，与刘裕同返京口。
刘裕离开后，刘牢之策划造反，召集旧部，商议以广陵为根据地，兴兵讨伐桓玄。他的老部下，参军刘袭气冲冲的说道：“将军以前反王恭，近日反司马元显，今日又反桓玄，一人三反，何以自立！”说罢，扭头就走，其余的人也是一哄而散。刘牢之无计可施，带着家丁北逃，想一想憋屈，一根绳子就把自己挂到了大树上。
在桓玄的屠刀之下，刘轨、刘敬宣等大佬级人物被迫北逃，分别投奔南燕和后秦。接着，威胁朝廷以平司马元显之功，封自己为豫章公，又以平殷仲堪、杨佺期之功，封桂阳郡公，然后改赐子侄。又让朝廷发诏避其父桓温讳，有姓名同者一律更改，赠其母马女士豫章公太夫人。
异己清除的差不多了，满朝都是自己的小弟，桓玄“讽朝廷”封自己为豫章公，食邑七千五百户。接着，他又自导自演，先上诏表示要“北伐姚兴”，让人民看到自己英武雄健的一面，但上战场砍人可不是闹着玩，万一打输了可就前功尽弃了，桓玄没那么傻。自己派人以朝命“下诏阻之。”世上最难塞的就是人民悠悠之口，特别是中国人向来是小道消息的专家，他的小把戏传的地球人都知道了，所有的人都知道他是骗子。
在姑孰遥控朝政期间，桓玄建造了数艘轻巧小船，遍载书画古玩奇物，黑天白夜有小弟看守。左右小弟很奇怪，书画古玩不在中堂挂着，放到小船上干什么！于是叩问老板请教。桓玄的回答让他们大跌眼镜：“兵荒马乱的，倘有意外，这些东西轻而易运。”小弟们闻之一笑，都知道这小子长不了，心里开始和桓玄离心离德。
东晋元兴二年（公元403年）九月，桓玄大哥桓伟病卒，桓玄失去了有力的强援，想到以堂兄桓修代领荆州刺史一职，为其属下所阻，说：“桓谦、桓修兄弟专据内外，权势太重，小心大权旁落。”于是，桓玄就以堂兄桓石康为荆州刺史。
一切准备就绪，桓玄加快了篡晋的步伐。其左右亲信卞范之、殷仲文等人都暗劝他早受晋禅，时间长了，夜长梦多，私下已经把九锡文和册命准备妥当。十月，东晋朝廷以桓玄为相国，总百揆，封十郡，为楚王，加九锡，楚国置丞相以下官。
新野江湖老大庾仄是殷仲堪的小弟，殷仲堪兵败后赋闲在家，听说桓玄受九锡，知道这小子要分裂党，自绝于人民。于是，趁桓伟刚刚死亡，桓石康还没上任的机会，乃起义兵，南蛮参军庾彬、安西参军杨道护、江安令邓襄子谋为内应。
庾仄突袭桓玄的小弟冯该于襄阳，冯该受到突然的打击，一败涂地，逃了。庾仄的军队扩大到七千之众，于城南设坛，祭拜晋朝祖宗七庙，江陵震动。
桓温的孙子桓亮以讨庾仄为名起兵于罗县，自号平南将军、湘州刺史，实际上就是打算自己当领导。南蛮校尉羊僧寿与桓石康共攻襄阳，庾仄军队抵抗失利，军队溃散，无奈之下投奔了后秦老板姚兴，庾彬等人跑得慢被俘遇害。长沙相陶延寿以桓亮乘乱起兵，图谋不轨，派兵攻击，把他给抓了。桓玄把桓亮流放到衡阳，剁了其同谋桓奥等人。
桓玄已经控制了朝政，为了制造民意，假惺惺的“上表求归藩”，同时，他又派人指使缺心眼的安帝遣使宣旨，“手诏留之”。桓玄还觉得表演不充分，再一次上表固请，然后又安排小弟暗地里下手，让傻老板“手诏固留焉。”
这蛋扯的，谁都知道老板缺心眼，桓玄偏偏找了这么一个对手，欺负傻子，也不怕天下人笑话。
为了证明自己天命所归，桓玄还到处使人散布钱塘临平湖开、江州甘露降这样的祥瑞，宣示自己登帝位的吉兆。因为实在找不出更多的祥瑞，桓玄暗中指使人山寨，估计中国人撒谎成性就是那时开的头。诡称钱塘江边的临平湖多年淤塞，现已湖开水清。又称江州百姓王成基家的竹子上降有甘露，命百官大加庆贺。历代都有隐士，偏偏此时没有，桓玄觉得特没面子，赶紧派人找来了西晋著名隐士皇甫谧的六世孙皇甫希之，先让希之隐居山林，提供各种费用，再征为著作郎，然后又指使希之故意推辞不接受，称之为高士。时人觉得很可笑，戏称这种隐士为“充隐”，着实娱乐了全国人民一把。
和王莽如出一辙，桓玄又想在国内废止铜钱流通，而用谷帛作交换单位，“制作纷纭，志无一定，变更回复。”这是逆历史潮流而动，最终一件事也没办成。桓玄是文人出身，喜好古人书法、图书、名宅腴田，只要听说别人有他喜欢的东西，一定把这个倒霉蛋请到府中，跟人家掷骰子。试想，和老板赌博，谁敢不输啊，桓玄自然是百战百胜。桓玄“尤喜珠玉，未尝离手”，数世贵公子，竟然和暴发户一样，天天一把名贵首饰握在手心，睡觉都要搂着。