魏军步步压迫，盖吴当然不能坐以待毙，当年十一月，派遣另一支部队的统帅白广平率军西攻汧城（今陕西陇县）；盖吴亲自率军进攻李闰堡（今陕西省大荔县东北）。义军兵锋四出，安定诸胡群起响应，义军声势浩大。盖吴打蛇随棍上，分兵进攻临晋（今陕西大荔东南）以东，被魏国大将章直率军击败，义军逃跑，溺死于黄河的多达三万余人。义军遭到了毁灭性的打击，盖吴无奈，向西方发展，率军向长安进军。义军挺进到渭北，遭到魏国大将叔孙拔部的阻击，三万余人战死。

在义军遭受了空前挫败的时节，迁居于河东（今山西永济西南）蜀人薛永宗聚众响应盖吴，率军袭击闻喜（今山西闻喜），被当地地主武装所击退。

因为起义风起云涌，官军疲于奔命，拓跋焘命令地方豪强薛拔纠合宗族百姓，列营于黄河沿岸，阻断盖吴和薛永宗两部义军往来之路。命令殿中尚书拓跋处直等人率领二万骑兵进攻薛永宗的义军，殿中尚书乙拔率三万骑兵进攻盖吴的义军，西平公寇提率一万骑兵攻打白广平义军。

南朝宋元嘉二十三年（公元446年）正月，因为起义没有被扑灭的迹象，拓跋焘亲自出马，率大军到达东雍州（治今山西临汾），亲自指挥攻打薛永宗坚守的城垒。

拓跋焘率军抵近义军的营垒，用马鞭指向前方，问崔浩：“今日可以攻击吗？”

崔浩回答说：“薛永宗未知陛下自来，人心安闲。现在北风迅疾，风沙遮面，不利于防守，我军应该马上攻击，须臾必碎。若待明日，恐其见官军盛大，必夜遁走。”

拓跋焘深以为然，命令军队立刻进攻。魏军各路大军齐头并进，在第二天完成了对义军的合围。随后，魏军全力进击，夺取了薛永宗军队固守的营垒。义军死伤惨重，几乎全军覆没，薛永宗走投无路，与家人皆赴汾河水而死。

第二天，拓跋焘从汾河北部渡河，率军到达洛水桥。这时斥候报告，盖吴军队主力驻扎在长安以北。拓跋焘认为渭水以北之地无谷草，人马没有食物，打算渡过渭水，到达渭南，然后顺着渭水西进。但还是觉得有些不托底，于是询问崔浩：“盖吴在长安北九十里。渭北地空，谷草不备。欲渡渭南西行，这样行吗？”

盖吴就是一流寇，没有严密的行军计划，到处流窜，抓住就不能撒手，干嘛还要兜圈子。崔浩不以为然的说：“盖吴军营离我军只有六十里，贼魁所在。击蛇之法，当须破头，头破则尾岂能复动？应该乘势先击盖吴主力。现在决定进攻，一日便到。我认为应该从北道进攻，若从南道迂回，那么，盖吴就会从容的进入北地山，我军就不能很快的消灭他。”

尽管崔浩言之有理，但不知道是什么原因，拓跋焘没有听从，仍然按照自己的想法办。率军沿渭水南岸西进，抵达戏水（今陕西临潼东北）。

这么长的时间，军队的行踪如何瞒得住。盖吴得到了拓跋焘迂回进攻的消息，果然散入北地山打游击。魏军主力扑空，这一趟算是白玩了。

拓跋焘站在盖吴军队空无一人的营垒前，心中大为后悔。

拓跋焘没有能够抓住战机，无奈之下返回长安，所过之处，拿老百姓泄愤，认为有同情盖吴义军的，一律按通敌论罪，直接就剁了。

拓跋焘无功而返，他的手下将领却斩获颇丰，乙拔等人率诸军在杏城遭遇了义军主力，大破盖吴义军。盖吴狼狈逃跑，途中遣使向宋国求援。宋文帝刘义隆任命盖吴为都督关、陇诸军事、雍州刺史、北地公；并命令雍、梁二州长官陈兵于边境，以为义军声援。

当年五月，盖吴收集所部兵马，聚于杏城，自号秦地王，声势复振。拓跋焘派遣永昌王拓跋仁、高凉王拓跋那督长安以北诸军进攻盖吴。六月，北魏征发冀、相、定三州军马二万人，驻扎在长安南山诸谷，以防盖吴率军逃逸；又征发司、幽、定、冀四州兵共十万，修筑京畿外围要塞，广纵千里，以堵击盖吴义军。

八月，北魏高凉王拓跋那击破盖吴军队主力，夺取杏城，俘虏了他的两位叔叔。拓跋那一反斩尽杀绝的惯用伎俩，恩威并施，予以收买之后放回。不久，盖吴被其叔所杀（一说在作战时中流矢而亡）。盖吴一死，义军遭受了重大打击，拓跋仁乘胜进军，相继击败了白广平、路那罗等义军，至此，盖吴起义失败。