为了切实贯彻俸禄制，冯太后还派纪检分巡各地，纠察伸手乱摸的，一旦手伸得过长被发现，结果只有一个：在家自裁。地方官员坐赃处死者四十余人。经此整饬，北魏吏治大有改观，官员闲着没事儿都把手插到袖筒里，担心一不留神摸到了不该摸的东西，贪赃受贿者也大有收敛。

官员都干净了，具备了进行下一步的基础。次年十月，冯太后在大臣李安世的建议下，颁布了“均田令”，拉开了在社会经济方面重大变革的序曲。“均田令”是指国家对无主荒田以政府的名义，定时、按人口分授给农民，使失去了土地的农民重新回到土地之上，从而增加了国家控制的劳动人口和征税对象，提高了农民的生产积极性。这一制度历经北齐、北周、隋和唐约三百年，不仅使北魏社会经济得到发展，而且奠定了后来隋唐社会的经济基础。可以说，灿烂的大唐文化之花，冯太后浇了第一桶水。

南朝齐永明四年（公元486年），冯太后又主持对地方基层组织——宗主督护制进行改革，实施了“三长制”。

自西晋灭亡后，北方战乱频仍，居于北方的豪强世家多聚族而居，设坞壁自保，自给自足，户口隐匿现象十分严重。政府征收户调时，只能依据户籍上登记的户口，但实际上往往三五十家为一户，千人百口共为一籍，这样一来，势必减少国家赋税，两极分化严重，社会财富严重不均。为了把豪强隐匿的劳动人口编入国家户籍，朝廷派人到各地清查户口，仅青州和冀州等五个州就查出隐户人口十多万。大臣李冲提出废除宗主督护制，实行“三长制”。

“三长制”即按照汉族的什伍里甲组织的形式，建立北魏的地方基层机构，规定五家为一邻，五邻为一里，五里为一党，邻、里、党各设一长，合谓三长。三长由本地有道德的能人充任。朝廷向各州派遣户籍大使，以检查户口、确立户籍。三长制打破了几百年来地方的宗族势力，将依附于豪强大族的农民收归国家直接统治，增强了国力，确立了中央政府的绝对权威。

冯太后采取的这些重大改革措施，沉重打击了地方豪强的势力，对于促进落后的鲜卑族向汉族先进的封建生产方式的转变，即封建化起到了推动作用。此外，为了使鲜卑族逐渐适应汉族人的生活方式和礼仪制度，冯太后大兴教育，尊崇儒法，算命摆摊的取消执照，从而开始了鲜卑族的汉化过程。这一点，为后来孝文帝迁都洛阳，推行大规模的汉化措施打下了基础，清除了障碍。

冯太后在进行全面改革的实践中，尽力让孝文帝参与，让这个注定当领导的孩子得到实战的机会。由于冯太后的悉心培养，孝文帝真正成熟起来，在冯太后死后，能够继承光大冯太后未竟的改革事业。

南朝齐永明五年（公元487年）北魏光禄大夫、咸阳文公高允去世了。高允一生服务国家，伺候过五位皇帝，在尚书省、中书省、秘书省三省中担任过重要职位，因为为人谨慎，公允，不推脱责任，干革命工作五十多年，从未受到过责备。冯太后和孝文帝都非常尊重他，看到他入朝，马上命令皇帝的贴身宦官苏兴扶侍。

高允教诲别人向善学好，诚恳耐心地引导，从不感到厌倦，平时顾念亲人、故旧。当献文帝拓跋弘夺取刘宋青州、徐州时，把当地望族全都迁到了代郡，他们中有很多人都是高允的姻亲，流离失所、饥寒交迫地来到这里，高允拿出全部家产赈济，使他们得到安置。接着，高允又在他们当中根据才能品行的不同，把一些人推荐给朝廷。

当时朝中许多人都因他们刚刚归附而不加信任。高允说：“任用贤才，使用能人，为什么要分他是新归附的还是早就归附的呢？如果他们肯定有用，怎么可以用这种理由去压制他们！”

高允身体一向无病，到这年，稍感不适，但他的起居仍如平日一样。几天之后去世，享年九十八岁。朝廷追赠他为侍中、司空，陪葬的布帛衣被十分丰厚，北魏建国以来，对活着或者死去了的官员的赏赐，没有赶得上高允的。

冯太后在生活上十分俭朴，平日穿戴没有名牌，都是普通的衣服。至于吃的方面也很随便，吃饱了就行，这一点，要比慈禧那个老娘们儿强的很多。在冯太后的表率之下，孝文帝也养成了节俭朴素的性格，平日穿布衣，坐骑的鞍辔是铁木做的，并无金雕玉镂。除了平日听政，冯太后还经常外出巡视。每到这时，她一般都将孝文帝带在身边，以便让他随时随地得到磨炼。

冯太后在政治上无疑是个铁腕人物，但她在日常生活上却是一个慈善的邻家大婶。有一次，她身体不舒服，要喝中药调理，厨子却稀里糊涂地端上一碗米粥，粥中竟有一支数寸长的虫子。过来问安的孝文帝见了很不高兴，狠狠地将厨子骂了一通，并准备处以严刑。冯太后却笑着摆摆手，将粥喝的一干二净，让吓得浑身乱颤的厨子该干嘛干嘛去。这一个不经意的小细节，对孝文帝触动很深，很多年后，他也没有忘记。

榜样的力量是无穷的，年轻的孝文帝耳濡目染。到孝文帝亲政以后，有一次，厨师在进食时不慎将热汤撒了，烫伤了孝文帝的手。还有一次是他在吃饭时，发现碗中有飞虫。孝文帝既没有生气，只是和冯太后当年一样，一笑了之。

冯太后在孝文帝身上倾注了大量心血，也赢得了孝文帝对她的格外尊重。有一年的春暖花开使节，草原上暖风袭袭，空气中有一股温暖的味道。这是踏青的好时节，冯太后带着孝文帝和群臣百官、蕃国使者、地方大佬游览方山（今大同北临长城处），在灵泉池大摆酒筵，冯太后让大家随便玩，唱歌跳舞随意。汉人喝多了吹牛耍酒疯，少数民族喝多了跳舞唱歌，孝文帝在酒筵前翩翩起舞，群臣也纷纷起来跳舞，恭祝为冯太后万寿无疆。冯太后极为高兴，情不自禁地随着节拍引颈高歌，酒筵之上，歌声嘹亮，九十余人开始了大合唱，气氛欢乐到火爆。

南朝齐永明八年（公元490年）九月，四十九岁的冯太后死于平城皇宫的太和殿，谥号文明太皇太后。临终时，冯太后安排了自己的后事：死后逾月即行安葬。山陵之制，厉行节俭。

冯太后的死，使孝文帝痛不欲生，五日内滴水未进，“毁慕哀悼”。对太后的陵墓规格，没有按遗嘱挖个坑埋了就算了，坚持将坟陵拓宽六十步，以国君的葬礼规格安葬。

当年十月，冯太后被安葬在自己生前选定的墓地——方山永固陵（今山西大同北），没有和文成帝合葬。孝文帝为了表达自己的孝谨，在永固陵东北约一里处，为自己营造了寿宫，准备死后也埋葬在这里，永伴抚养自己成长的祖母太皇太后，以安慰她阴间的孤独。